目的：了解黄连生物碱类活性成分与肠道菌群相互作用的研究进展，为后续进一步研究提供参考。方法：以“黄连“”肠道菌群“”相互作用“”生物碱“”调控肠道菌群“”药效学“”Coptischinensis“”Intestinalflora“”Interaction“”Alkaloids“”RegulationofEn-terobacteria“”Pharmacodynamics”等为关键词，在中国知网、万方数据库、维普、PubMed、GeenMedical等数据库中组合查询于2009年1月－2020年4月发表的相关文献，对黄连生物碱成分或其配伍复方与肠道菌群的相互作用，以及基于这种作用产生的药物代谢转化和药效进行综述。结果与结论：黄连系常见苦寒中药，其主要含有生物碱类及阿魏酸、黄柏酮、黄柏内酯、绿原酸等成分，其生物碱类主要包含小檗碱、黄连碱、巴马汀、药根碱、木兰花碱等；其中含量较高的主要抑菌活性成分是小檗碱。黄连生物碱及其配伍复方与肠道菌群之间的作用是双向的：一方面肠道菌群对黄连生物碱具有代谢作用，其代谢产物极性变大，脂水分配系数发生变化，易于吸收入血，能增加药效；另一方面，黄连生物碱能够调控肠道菌群的构成，改善肠道菌群失调，恢复肠道屏障完整性，不仅对肠道局部疾病有治疗作用，还可能通过肠-脑轴、肠-心轴及肠-肝轴或其他途径对2型糖尿病、高脂血症及神经系统疾病等发挥治疗作用。目前，黄连生物碱及其配伍复方影响肠道菌群结构的研究多数停留在双歧杆菌、大肠埃希菌等菌群数量以及肠菌丰度和多样性的改变方面，难以归纳总结出一定规律，研究方法也比较局限；未来应将研究重点从现象观察转移至作用机制的阐明。