目的：通过讨论基因芯片技术在中药研究中的应用，为中药研究开辟新的思路，为中药现代化的深入发展提供理论依据。方法：以“中药”“基因芯片”“作用机制”“Traditional Chinese medicine”“Gene chip”“Mechanism”等为关键词，组合检索2000年1月－2016年2月在中国知网、中国生物医学文献数据库、PubMed中发表的文献并进行综述。结果与结论：共检索到相关文献113篇，其中有效文献37篇。基因芯片技术系统、全面、高通量的优势与中医药多靶点、多效应、整体观的理论具有同一性。该技术在中药抗肿瘤、抗心血管疾病和抗衰老3个方面的药理作用机制研究中应用较为广泛，主要体现在对中药单体、提取物和中药复方的基因表达谱进行研究分析，从基因水平阐释其作用机制，有效解决了中药作用机理不明的问题。不足之处主要有研究方向相对独立，系统性综合性不足；中药复方研究较多，单体研究较少，国际认可度不够；深入研究较少，解决的实际科学问题不多。基因芯片能够对中药产生的复杂作用机制提供科学合理的解释，有利于中医药的现代化发展。科研工作者应该积极挑战相关技术瓶颈，努力克服其中的不足，将基因芯片技术与中医药研究更加有效地结合，为中药现代化研究开辟新的道路。